Hutan hujan adalah hutan tropis kering yang terletak di bawah 500 meter di atas permukaan laut. Tipe hutan ini dipengaruhi oleh musim basah dan kering, dan sangat mudah rusak serta sangat mudah hilang apabila ditebang. Sekitar 25% tumbuhan yang terdapat di Taman Nasional Komodo adalah termasuk ke dalam hutan hujan. Hutan hujan ditemukan biasanya mengeliling bagian bawah perbukitan, atau sebagai serambi hutan sepanjang hamparan anak sungai.
Tipe tumbuhan yang tumbuh di hutan hujan:
Hutan ini terbentuk dari campuran kanopi rendah pepohonan meranggas yang kehilangan daunnya, biasanya pada musim kering, dan menghasilkan yang baru setiap tahun. Pohon bercabang rendah seringkali mengandung epifit seperti anggrek dan paku-pakuan tanduk rusa. Spesies semak juga ada, khususnya setelah kebakaran.
Bakau tumbuh di bagian lebih hangat di dunia dimana suhu udara setidaknya 20 derajat Celcius dan suhu air setidaknya 24 derajat Celcius. Mereka juga harus berada di daerah yang cukup terlindung dimana benih dapat berakar dan berkecambah tanpa terbawa gelombang. Mereka memilih daerah berlumpur di perairan dangkal dan akan lebih tersebar di daerah dengan kisaran pasang surut yang tinggi. Pohon bakau pada umumnya mengambil oksigen dengan menggunakan akarnya di dalam tanah, tetapi tanah tempat tumbuh bakau mengandung oksigen yang sangat rendah. Karena itu, bagian dari akar bakau berada di atas air sehingga mereka dapat mengambil oksigen dari udara. Juga, pohon bakau dapat menarik air asin dengan menggunakan akarnya dan menyaring garamnya. Garam dibuang melalui daun atau disimpan di daun sampai daun itu mati dan gugur dari pohon. Kita dapat menjumpai ekosistem bakau di Taman Nasional Komodo di sisi timur laut Komodo, dan sisi utara serta timur laut Rinca. Terdapat juga bakau di selatan Rinca dan barat laut Padar.
Rangkaian hewan laut yang menakjubkan teradaptasi untuk hidup di ekosistem bakau. Ikan sumpit (archerfish) dapat menembak jatuh serangga di atas permukaan air dari jarak 2 meter dengan menggunakan butiran air yang ditembakkan dari mulutnya. Ikan belodok melompat ke atas air dan memakan alga pada akar bakau. Pada saat pasang turun dimana hamparan lumpur kering, teritip dan kerang yang menempel pada akar bakau akan terlihat, sebagaimana pula kepiting fiddler dan kepiting hantu yang memakan alga dan detritus. Siput dan kima sebagaimana juga spesies ikan lainnya, udang-udangan dan moluska juga hidup di habitat ini.
